João Domingos Bontempo nasceu em Lisboa, em 28 de dezembro de 1771. Foi aluno primeiro de seu pai, Francisco Xavier Bontempo, músico da câmara real, e depois do seminário Patriarcal. Ainda antes dos quatorze anos, foi admitido na Irmandade de Santa Cecília na qualidade de cantor da Bemposta.

Em 1804, dirigiu-se a Paris para tentar a sorte como pianista. Lá, publicou suas primeiras obras - uma sonata e dois concertos - que denotam a influência do estilo de Clementi. Em 1810, salientou-se em público a sua Sinfonia n.º 1, que foi bem acolhida pela crítica. Ainda nesse mesmo ano, mudou-se para Londres, onde Clementi dava as suas obras mais recentes, entre as quais: Capriccio and god save the king Op. 8, as Grandes Sonatas para piano Op. 9 (3) - a terceira com violino -, o Hino lusitano Op. 10 para piano, coro e orquestra, o Concerto para piano n.º 4 Op. 12, a Grande Fantasia para piano Op. 14, duas árias e uma ária popular com canções Op. 15, com piano e violino.

Em 1814, regressou para Portugal, onde, ao contrário do que esperava, só conseguiu apresentar-se em público numa festa diplomática em que representou a sua cantata O anúncio da paz. Desiludido, foi a Londres, onde publicou mais algumas obras, entre as quais, o Quinteto para piano Op. 16 e a Sinfonia n.º 1 Op. 11.

Nos finais de 1816 esteve do novo em Lisboa, onde viveu, com dificuldades durante os dois anos seguintes. Uma vez mais, deixou a pátria e fixou-se em Paris, onde publicou a Missa Requiem consagrada a Camões. Dado o êxito obtido pela partitura em Londres, foi para essa cidade e regressou a Portugal em 1820.

Em 1833 foi nomeado professor de música de D. Maria II e, em 1835, diretor do Conservatório, cargo que manteve até a morte -18 de agosto de 1842 - em virtude de problemas na bexiga.