Francisco Guerrero nasceu em Sevilha (Espanha), em maio de 1527. Foi aluno de seu irmão mais velho, Pedro, e de F. de Castilleja (mestre de capela da catedral de Sevilha). Sucedeu ao seu professor, em Sevilha, e ocupou um lugar análogo em Málaga. Fez uma longa viagem a Roma, Veneza e Jerusalém que conta num livro precioso (a viagem de Jerusalém, de que foram publicadas várias edições nos séculos XVII e XVIII). Guerrero morreu em Sevilha, em 8 de novembro de 1599.