Filipe de Magalhães nasceu em Vila Nova de azeitão, em 1563. Foi discípulo de Manuel Mendes desde 1575, data em que foi admitido no colégio dos moços do coro da Sé de Évora. Foi ordenado sacerdote, e sua vida decorreu em Évora e depois em Lisboa ligado à capela real, onde foi admitido como capelão cantor e ali permaneceu até a sua morte.

Foi mestre da capela a partir de 1596, no tempo de Filipe I (de Portugal), mas a posse efetiva do mestrado com honras e benefícios só teria sido em 1623. Em 1640, D. João IV, reconhecendo o seu mérito, a sua dignidade e o seu talento, concedeu para Magalhães uma aposentadoria integral. O músico morreu em Lisboa, em 17 de dezembro de 1653.

Magalhães é um dos compositores portugueses de música e canto polifônico mais tardiamente descobertos. Começou por publicar um livro de cantochão que teve várias edições (Cantus ecclesiasticus). Conseguiu imprimir dois livros de polifonia quando já contava 73 anos de idade: Missarum liber e os da Magnificat, que Barbosa Machado abre com o Canticum beatissime virginis, ambos de 1636, na oficina de Craesbeck, em Lisboa. Missas, antífonas, motetos e cânticos a 4, 4, 6 e 8 vozes foram o conteúdo das duas obras, das quais o Liber missarum foi publicado em notação atual (1975) pela F.C.Gulbenkian em Portugaliae Musica.