Cristóbal de Morales nasceu em Sevilha (Espanha), em c.1500. Recebeu uma educação muito completa (os seus prefácios revelam um excelente conhecimento do latim) e foi, provavelmente, aluno de Escobar, como menino de coro da catedral de Sevilha. Entre 1526 e 1530, foi mestre de capela da catedral de Ávila. Graças ao interesse que lhe testemunhava o papa Paulo III, foi admitido como cantor, em 1535, na capela pontifícia em Roma; situação favorável à difusão de sua música, que os grandes desse mundo podiam ouvir, tanto em Roma como quando das deslocações do coro.

Foi assim que em Nice, para celebrar as tréguas acordadas (a instâncias de Paulo III) entre Francisco I e Carlos V (1538), Morales mandou executar, pelos cantores que acompanhavam o papa, uma grande cantata, Jubilemus omnis terra. Em Roma, o coro pontifício apresentou-se mais frequentemente na Capela Paulina, e também nas diversas igrejas da cidade e da Capela Sistina, onde Michelângelo trabalhava, então, nos seus célebres afrescos. Em 1545, Morales deixou Roma definitivamente, depois de ter publicado aí, bem como em Veneza, a maior parte de suas obras.

Foi nomeado mestre de capela da catedral de Toledo, mas, doente e endividado, apresentou a sua demissão dois anos mais tarde. Em 1551, aceitou um lugar análogo na catedral de Málaga: todavia, não conseguindo habituar-se às condições de trabalho na Espanha e sentindo-se em Málaga ainda mais infeliz do que em Toledo, pediu para retomar as suas antigas funções na catedral desta cidade, mas morreu antes de tal lhe ter sido concedido. Morales morreu em Málaga (Espanha), em 1553.