Claude Goudimel nasceu em Besançon (França), em c.1510. Não se sabe nada acerca da sua juventude ou dos seus professores. A partir de 1549, viveu em Paris onde publicou canções e pareceu ter-se associado ao editor Du Chemin. Entre 1557 e 1587 (aproximadamente), viveu em Metz, onde se relacionou com os meios huguenotes; havia vários anos que se interessara pela tradução dos salmos, feita por Marot e por Beze, que pensava musicar integralmente.

Cerca de 1560, ligou-se definitivamente à Reforma; as suas últimas obras católicas, um Magnificat e 4 missas, foram publicadas em 1557 e 1558. Perto do final de sua vida, trocou Metz por Besançon e, depois, Lion (França), onde foi assassinado, três dias depois do São Bartolomeu, quando dos massacres de huguenotes. Goudimel morreu em 27 de agosto de 1572. Uma tradição segundo a qual Goudimel teria fundado, em Roma, uma escola de música onde Palestrina estudara, parece carecer de fundamento.