Johan Wagenaar nasceu em Utrecht (Holanda), em 1.º de novembro de 1862. Aluno do conservatório de Haia e da Hochschule für Musik de Berlim, foi organista da catedral de Utrecht, diretor da escola de música desta cidade, e, depois, diretor do conservatório de Haia. Entre os seus numerosos alunos figura Pijper. Morreu em Haia (Holanda), em 17 de junho de 1941.

Deixou obras como Jupiter amans para solistas, coros e orquestra, cantatas, poemas sinfônicos, aberturas para teatro.