À exceção de algumas peças mais conhecidas, Debussy deixou obra pouco acessível, pelo caráter inovador. Para o grande público seu nome está ligado aos sketches sinfônicos de O mar (1905), ao terceiro movimento da Suíte bergamasca (1809-1905), Luar, aos noturnos para orquestra e algumas peças dos Prelúdios para piano. É o Debussy impressionista, autor de uma música vaga 'que se ouve com a cabeça reclinada nas mãos', segundo Cocteau.

Tais conceitos foram, depois, reformulados. Mas, por algum tempo, Debussy foi vítima do equívoco de ser considerado autor de uma música 'literária' e 'pictórica', por causa de suas ligações com a poesia simbolista e com o Impressionismo nas artes plásticas. Sua inovação foi, entretanto, de ordem musical, e é em termos musicais que a sua obra passou depois a ser compreendida.

O impressionismo de Debussy residiria no caráter flou, vago, de seus sutis jogos harmônicos, em que a melodia parecia dissolver-se. Mas essa fluidez era a aparência, como depois se viu. A melodia não se dissolveu propriamente, mas libertou-se dos cânones tradicionais, das repetições e das cadências rítmicas. Debussy não seguiu também as regras da harmonia clássica: deu uma importância excepcional aos acordes isolados, aos timbres, às pausas, ao contraste entre os registros. Trouxe uma nova concepção de construção musical, que se acentuou na sua última fase. Por isso foi incompreendido. O que não lhe desagradaria, pois ele mesmo propôs, certa vez, a criação de uma 'sociedade de esoterismo musical'.

A obra de Debussy é bastante diversificada, do ponto de vista dos gêneros e das formas que utilizou. Não se pode dizer que tenha sido compositor essencialmente vocal ou instrumental, sinfônico ou camerístico, pois todas as suas obras, em que pese a diversidade de meios que utilizou, parecem transmitir a mesma mensagem. A abertura de um universo sonoro inteiramente novo, em que a sugestão ocupou o lugar da construção temática e definida. De modo geral, sua obra pode ser dividida em música para orquestra, música de câmara e para instrumentos solos, música para piano, canções e música coral, obras cênicas e música incidental.

A música orquestral de Debussy é a que corresponde melhor à sua imagem de impressionista. Em 1894, o Prelúdio à tarde de uma fauna, baseado no poema de Mallarmé, causou estranheza pela 'ausência de melodia': Debussy lançou na verdade, a sugestão de um tema melódico, sem desenvolvimento. Os Noturnos (1893-1899), O mar e Imagens para orquestra (1909) pareciam confirmar a imagem do músico vago, cujas melodias não tinham contornos definidos e cuja construção harmônica parecia desarticulada: o tom poético dos títulos confirmaria a imagem de uma música 'literária'. Mas a poesia estava na música, na liberdade melódica, na pesquisa dos timbres, numa nova construção harmônica. O efeito disso era uma nova e estranha sonoridade.

A música de câmara e para instrumentos solistas é uma seção reduzida na obra de Debussy. Em 1893 compõe o Quarteto para cordas em sol menor, obra singular cuja construção difere essencialmente do quarteto clássico beethoveniano. Também as três sonatas do seu período final foram construídas segundo princípios inteiramente diversos da sonata clássica vienense, mas por outros motivos. Foram compostas no período da guerra, e Debussy, nacionalista intransigente, rejeitou os princípios da sonata clássica vienense para recuperar a forma cíclica da sonata francesa. As três sonatas (1915-1917), parte de um ciclo que ficou incompleto, para instrumentos diversos, das quais a mais importante é a Sonata para piano e violino, são obras avançadas, com asperezas inéditas em sua música anterior. Entre as composições para instrumento solo destaca-se, em estilo semelhante, Syrinx, para flauta desacompanhada.

A música pianística é uma seção importante na obra de Debussy. São conhecidas sobretudo as coleções Suíte bergamasca, Estampas (1903), Imagens (1905-1907), Canto das crianças (1906-1908) e os Estudos (12) I e II (1915). Da Suíte bergamasca aos Estudos a evolução é marcante: os títulos poéticos desaparecem. Os títulos técnicos dos estudos (notas repetidas, sonoridades opostas, escalas cromáticas, etc.) apenas revelam a consciência técnica inovadora que se ocultava atrás de títulos poéticos como Jardins sob a chuva, Sinos por entre as folhagens, a catedral submersa, etc., em outros conjuntos (Estampas, Imagens, etc.).

No último período, não só a música pianística se torna mais abstrata como também mais áspera na pesquisa de novos timbres. Finalmente, em Seis epígrafes antigas e Em branco e negro, ambos de 1915, Debussy retorna às fontes clássicas francesas, Couperin e Rameau.

Debussy começou a sua carreira compondo música vocal, persistindo no gênero até os últimos anos de criatividade. O acervo é grande, incluindo a musicalização de muitos poetas. Entre as coleções mais célebres estão os Cinco poemas de Baudelaire (1887-1889), arietas esquecidas (1888), de Verlaine, as Canções de Bilitis (1897), de Pierre Louys, e as Três baladas de François Villon (1913). A técnica melódica de Debussy fundamenta-se na melodia dos próprios versos, mas, nas baladas de Villon, nota-se a evolução para um severo despojamento.

Em 1902, a estréia da ópera Pelléas e Mélisande, sobre texto de Maeterlinck, causou estranheza: era quase uma antiópera, que se pretendia anti-Wagner na sua extrema contenção de texto declamado. Nela Debussy voltou-se contra toda a tradição dramática, de Berlioz a Wagner. Anos depois, em 1911, O martírio de São Sebastião é uma obra cênica ainda mais insólita. Da mesma época é a música para balé Jogos (1912), obra de surpreendentes inovações e de grande complexidade harmônica.

A música inovadora de Debussy agiu como um fenômeno catalisador de diversos movimentos musicais em outros países. Na França, só se aponta Ravel como influenciado, mas só na juventude, não sendo propriamente discípulo. Influenciados foram também Bartók, de Falla, Villa-Lobos e outros. Do Prelúdio à tarde de uma fauna, com que, para Pierre Boulez, começou a música moderna, até Jogos, toda a arte de Debussy foi uma lição de inconformismo.